江戸時代はじめごろの日本は、積極的に外国との交易を行っており、中国やポルトガルなどの船が長崎に来航していました。
そうしたなか平戸オランダ商館は、オランダの東アジア地域最前線として重要な役割を担っていました。はじめはそれほど利益があったわけではありませんが、日本が徐々に海外交易の統制（鎖国政策）を強めていく1630年代後半から貿易額は飛躍的に増大していきき、商館は膨大な量の商品を保管するために大型の倉庫の建設に着手します。
1639年に建設された倉庫は、日本では類を見ない巨大な洋風の石造りの倉庫であり、当時の日本人の目にはこの倉庫の外観が、かなり奇異なものであったことが当時の記録から分かります。
やがて、日本人の海外渡航が禁止され、ポルトガル船の来航も禁止されると、オランダは（中国を除いて）唯一の交易相手として日本貿易を一手に担うことになりますが、鎖国政策の波はオランダ商館にもおよび、はじめに巨費を投じて建設した1639年築造倉庫の破壊を命じられ、最終的には長崎出島へと移転させられました。
平戸時代のオランダ商館の大きな特徴は、出島と違って比較的自由な雰囲気の中で、日常的に住民との交流が繰り広げられたことと言ってもいいかもしれません。