長崎県内のレンガ造教会堂としては最晩期の建築であり、外観・内観ともに完成された意匠を見ることができます。

外観は、正面中央に八角形ドームの鐘塔を備え、外壁はレンガ造および木造で、レンガの色づかいや積み方に変化をつけることで多彩な表情を作り出しています。内部は、木質にペンキ塗りで仕上げられ、連続するアーチの高窓、椿の花の浮き彫り、部分に使われた金色などが華やかな内部空間を演出します。

建設は、信徒の手作業によって行われました。レンガ・瓦・セメント・木材などの材料は船で運ばれ、信徒の手によって海岸から運び上げられました。石灰は持ち寄った貝を焼いたものです。敷地内には、この貝焼き場のほか、司祭館、正面門柱、煉瓦塀、石段や石垣、便所、隣接の墓地などが良好に現存し、教会堂とともに優れた周辺の歴史的環境も高く評価されています。