亀岡神社は平戸城二の丸跡に鎮座しており、境内北端中央の高い石垣の上に本殿が建てられています。桁行３間、梁間３間の切妻造で、屋根は鉄板葺、棟に千木と鰹木が飾られています。入口は桁側から入る平入で、正面中央に階段があり、左右に神像を安置する独特の形式です。

本殿より１段下に拝殿があります。阿翁石と呼ばれる松浦市鷹島産の玄武岩で作られた基壇の上に建てられ、桁行３間、梁間３間の入母屋造、本瓦葺で、３面に欄干を付した廊下が廻り、正面に石段が設けられています。

拝殿と本殿の間にあるのが幣殿及び登廊です。拝殿の北側中央から幅１間、奥行き１間半、１段下がった床の突き当たりにご神体の「鏡」が置かれています。そこから3.5ｍ高い本殿に向けてアーチ状の登り階段を造り、本殿回廊へとつなげています。

神楽殿は参道の東側に西面して建ち、桁行３間・梁間３間、入母屋造、本瓦葺の建物です。桁行１間、梁間３間の後座を設けています。床は板張りで、四方は吹放しとなっています。懸魚には神社名に因み、亀の装飾が施されています。